Det er havna og plasseringen langs skipsleia som har skapt byen. Byen vokste fram gjennom trelasthandel, fiskeri og klippfiskproduksjon. På 1600-tallet utviklet det seg en liten tettbebyggelse kalt Fosna eller Lille-Fosen ved havna mellom de tre øyene ved Grip. Dette var resultat av behovet for utskipingshavn/eksporthavn/tollsted for hollendernes handel med tømmer. Stedet fikk status som ladested underlagt Trondheim med tillatelse til å drive handel med et begrenset utvalg varer.
Trelasthandelen gjorde Nordmøre til et økonomisk sentrum nordenfjeldsk, og var årsaken til at Nordmøre ble eget tolldistrikt, samt at Fosna fikk egen tollbod i 1643. Trelastdriftens store tid på Nordmøre tok til først på 1600-tallet og varte til 1670-årene. Denne tiden ble kalt hollendertiden. Rovdrift på skogen førte til at næringen døde ut.
Fra 1680-årene ble fiskeriene og fiskeeksporten igjen alfa og omega for tettstedet, og klippfiskproduksjon utviklet seg til en stor virksomhet midt på 1700-tallet. De mest driftige kjøpmennene i Kristiansund skaffet seg kontroll over alle ledd i produksjonen. De kjøpte opp fiskeværene, produserte klippfisken og var eksportører. Milnbrygga og Milnbergan, midt i Kristiansund sentrum, er viktige kulturminner fra denne tiden.
29.juni 1742 ble stedet kjøpstad med navn Christiansund etter Christian VI.
Midt på 1800-tallet ekspanderte klippfiskproduksjonen ut over hva fiskeriene på Nordmøre Romsdal og Trøndelag ga av råstofftilgang. Byens kjøpmenn måtte satse på oppkjøp av råfisk i Lofoten og Finnmark for å tilfredsstille etterspørselen. Byen fikk en stor flåte av små seilfartøy, jakter og galeaser, til denne trafikken. Markedet ble også utvidet og byens kjøpmenn tjente godt.
Kristiansund hadde på slutten av 1800-tallet mange store kjøpmannsgårder og sjøboder eller brygger, og Vågen var en viktig del av havneområdet. Vågen var også åsted for utvikling av skipsverft og annet maritimt rettet næringsliv. Fram til andre verdenskrig var havnebassenget omkranset av brygger, som regel i kombinasjon med kjøpmannens bolighus. Bryggen var enten plassert framskutt på hver side av tilbaketrukket bolighus, eller en rekke med brygger kunne være plassert foran bolighuset.
I april 1940 ble Kristiansund bombet av tyske fly. De sentrale delene av Kirkelandet og Nordlandet, som ble ødelagt ved bombingen, ble totalt omregulert. Den gamle trehusbyen med selvgrodd struktur på ferdselsårer og eiendomsgrenser ble erstattet av rette gateløp og akser som er rettet mot storslagne naturmotiver som Freikollen og Jørgenvågssalen i nabokommunen Aure. Kristiansund ble etter krigen bygget opp med en markant gjenreisningsarkitektur i nøktern funkisstil, men med klassiske detaljer som dørportaler på flere bolighus. I enkelte gater ble det oppført svenske ferdighus som nødhjelp.
1950-årene var preget av gjenreisning og et rikt sildefiske om vintrene. Byen hadde på denne tiden også en trålerflåte som skaffet råstoff til klippfiskproduksjonen.
Næringslivet i Kristiansund domineres i dag av olje- og gassvirksomheten på Haltenbanken.
Lenke til kilde: NB!-registeret